アルコキシシロキサンとアルコキシシランの違い
「アルコキシシロキサンとアルコキシシランは何が違いますか？それとも同じですか？」と、聞かれることがあります。
コーティング液剤の性状（コーティング剤の機能や性能）という意味では、あまり気にされなくてよいのではないでしょうか。
コーティング剤の場合、原材料～製品であるコーティング剤までの、どの断面をとって表現しているかに過ぎないように思われます。
アルコキシシロキサンと一言で言っても、その中身は非常に多くの種類があり、それぞれの性質も多様です。それはアルコキシシランでも同じです。
ですから、このような方式を表す単語を気にし過ぎる必要はありません。
このような単語だけで、コーティング剤の品質や特性を表現できるほど単純ではないのです。
自動車のエンジンに例えるならば、「ガソリンエンジン車です」と言っても、軽トラもあれば、12気筒のスーパーカーもありますね。これに似ていると思います。
アルコキシシロキサンやアルコキシシランは無機質ではない
しかし、いくら多様な性質を持つといっても、「アルコキシシロキサンやアルコキシシランは有機物を含みますよ」という名前なのに、私は無機質ですと表示をしたコーティング剤に関するご質問をいただきました。
ご質問いただいた一般のユーザーさまは、「無機質」と表示されている他社コーティング剤を購入されたそうです。
無機質のコーティングは、有機物である塗装への密着が悪く、温度変化に対応する収縮性がなく、結果としてすぐに剥がれ落ちるコーティング剤です。
いまだに「無機質」ですと宣伝していることに驚かされます。
この他社コーティング剤の成分表示は、「アルコキシシロキサン」となっているそうです。ご自身で調べてみると、有機物が含まれているのではないか？とのことです。
ご質問者のおっしゃる通り、成分表示にある「アルコキシ」とは有機官能基（アルコキシ基）のことであり、有機物である原子団を表しています。
用語としては、下記のように「アルコキシ」と「シロキサン」からなる複合的な構造を持ちます。
アルコキシシロキサンは、「シロキサン」という背骨を含む胴体にあたる部分を中心にして、手足にあたる部分である「アルコキシ」からなる物質であるととらえることができます。
アルコキシシロキサンとは、ごく簡単に言いますと、無機物の基本構造をもちながら、有機物との複合体であるシロキサンを中心にして、さらにコーティングと塗装など有機物との密着性を高めたり、撥水性を与えるために、多様な機能を持つ様々なアルコキシ基をくっつけた化合物のことです。
ですから、シロキサンやアルコキシシロキサンは無機ではありません。
シロキサン（siloxane）
シロキサンとは、ケイ素（Si）と酸素（O）を骨格とし、アルカン（R）を複合化した化合物の総称です。
ケイ素と酸素だけで構成される物質の身近なものは、二酸化ケイ素（SiO2）である無機ガラスですが、シロキサンは、ケイ素と酸素に加えて、置換基にあたるアルカン（炭化水素）から構成されていることを表しますから、無機ガラスではないわけです。
シロキサン:siloxaneの語源は、silicon:ケイ素、oxygen：酸素、alkane：アルカン（炭化水素）を合成したものです。 つまり、シロキサンとは炭化水素をを含む有機化合物であることを示しています。
シロキサンにおけるアルカンは、ケイ素と酸素によるガラスの無機物と、置換基としてのアルキル基（炭素と水素が結合）による有機物からなる複合体（無機有機ハイブリッド）の基礎的構造となります。
アルコキシ（alkoxy group）
アルコキシは置換基あるいは、官能基として、シロキサンの無機と有機からなる構造を応用して、例えば、塗装との密着性や表面の撥水性を持たせるなど、様々な機能性を付加させる多様な有機物の原子団を表します。
（参考）
無機ガラスコーティングは温度変化に弱い
http://coating.th-angel.com/2015/02/blog-post_22.html
ガラスコーティング比較
http://coating.th-angel.com/2014/03/blog-post_12.html
VOCフリーガラスコーティング？
http://coating.th-angel.com/2015/11/vocvoc.html
ガラスコーティング【モース硬度7】の不思議
http://coating.th-angel.com/2014/02/blog-post_17.html
ガラスコーティングとポリマーコーティングの違い
http://coating.th-angel.com/2014/02/blog-post_13.html
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